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Tiene un tratamiento similar al régimen general, la empresa tiene que abonarle en teoría los primeros 15 días de la baja (PAGO DELEGADO), ya que pasaría a pago directo desde el 16 día de la baja con el INSS o MUTUA.

En primer lugar tienes que diferenciar que existen 2 modalidades de cotización en este régimen (SISTEMA GENERAL y JORNADAS REALES), dependiendo uno u otro así cotizaras que ya es otro tema aparte y muy extenso.

En segundo lugar cito textualmente: "RÉGIMEN ESPECIAL AGRARIO (TRABAJADORES POR CUENTA AJENA), La prestación se otorga con la misma extensión, forma, términos y condiciones que el Régimen General, con la siguiente particularidad: ES CONDICIÓN INDISPENSABLE PARA PEDIR EL SUBSIDIO, QUE EL TRABAJADOR SE ENCUENTRE PRESTANDO SERVICIOS POR CUENTA AJENA EN LA FECHA EN LA QUE SE INICIE LA ENFERMEDAD COMÚN O SE PRODUCZCA EL ACCIDENTE NO LABORAL, a menos que se trate de trabajadores fijos en situación de desempleo.

Hay casos en los que no se necesita  trabajar el día de la baja, pero eso ya es otro tema aparte que no voy a entrar en detalle. 

Dices que lleva en alta un mes, pero no sabemos si tiene contrato por escrito o no y eso es importante, porque tendrás que mantenerlo en alta lo que dure el contrato y por tanto seguir cotizando por él. Aunque el pago de la prestación la haga directamente el INSS.

Otra cosa muy importante es que el día de la baja tiene que estar trabajando, por lo tanto tienes que ponerle jornadas, las que sea que halla trabajado hasta el día de la baja, inclusive. si no el trabajador no tiene derecho a cobrar la baja.

Espero que te sea de ayuda.

Si existe pago delegado en Jornadas Reales, SI EXISTE, yo te recomiendo esto, luego haz lo que quieras:

1º Si no le tienes ningún contrato escrito realizado al trabajador (o comunicación inferior a 28 días), coje directamente y lo das de baja de la empresa en la Seguridad Social (baja no voluntaria) el mismo día de la fecha de baja médica, y le indicas como jornada real trabajada ese día (ojo "no previsible" sino como "real") y con eso has terminado. El INSS le va a reconocer la prestación y le empieza a pagar desde el decimosexto día.

2º Si le tienes realizado un contrato 402, lo tienes que respetar, por ejemplo fecha inicio contrato 01/01/2011 y fecha fin contrato 15/03/2011 y se produce una baja IT el día 28/02/2011.

Es este caso tienes que indicar con jornada trabajada el día 28/02/2011, y como los primeros 15 días está a cargo del empresario tienes que cotizar PREVISIBLEMENTE desde 01/03/2011 al 15/03/2011 los días que creas que el trabajador iba a realizar su trabajo (PAGO DELEGADO) Esto aunque parezca mentira es así, otra cosa que hace la gente es no cotizar nada, cosa que yo haría igual por no pagar nada. En este caso, en el calendario de jornadas reales de marzo los días previsibles. (imposible de saberlo lógicamente) Estas jornadas previsibles cotizan de una manera diferente a las reales, como por ejemplo los días previsibles no tienen reducción y según el Boletín de Noticias RED 2010/01 (08/01/2010) indica la forma de cotizar:

Modalidad J en situaciones especiales (IT, Maternidad, Riesgo durante el embarazo…): cotización exclusivamente por FOGASA, AT y EP.

Como ves no cotizas (en las jornadas previsibles) por Contingencias Comunes, por lo que tampoco puedes aplicarle reducción, durante estos períodos. Cuantos menos días de jornadas previsibles indiques menos pagas en Tc1/8, ya que el INSS le da igual lo que hagas, porque ellos sólo se hacen cargo desde el 16 día de la baja. Si utilizas sistema red, dentro de Afiliación on-line hay una opción que se llama SITUACIONES ESPECIALES DE INCAPACIDAD TEMPORAL (solamente utilizable para empresas del Régimen Especial Agrario 0613) aquí tienes que indicarle haciendo uso del ejemplo anterior que te haces cargo del trabajador (PAGO DELEGADO) los días 01/03/2011 al 15/03/2011. Y en el calendario de jornadas reales las previsibles en vez de marcar una "x" se marca una "P" (previsible) no tienes que indicar nada en la opción de INCAPACIDAD TEMPORAL ON-LINE (ya que el régimen agrario no le afecta esta opción por ahora)

Si no te quieres complicar la vida lo das de baja y te olvidas.

Si no tiene mas trabajadores en la empresa y no te quieres complicar la vida, manteniendolo en alta, no le indiques ninguna jornada prevista, y con eso has terminado, realmente nadie te va a preguntar así que la interpretación que puedes seguir es que realmente después de la baja médica no iba a ir más a trabajar en la empresa.